KB896613の件。
Expressエディションで使える「User Instance 」ですが、マイクロソフトからパッチをもらって適用したらなおりました。
詳しく実験したわけではないのですが、SP1,SP2をインストール時に一緒に適用(というかSPがあたっているインストーラーを使うと)
するとどうもこの機能が崩れるっぽいです。
そして、IDEとかインストールしていないPCで、User Instanceを使うプログラムを使うと、あら不思議、サービスパックを同時に入れてあげても普通に使えちゃいます。
原因がよくわかりませんが、とりあえずパッチを当てなさいと。